按照国家专项立项要求，第二次青藏科考成果产出将体现为四大体系，分别是科考报告成果体系、国家需求成果体系、国际前沿成果体系、科学传播成果体系。
在该所当日召开的“第二次青藏科考队学习贯彻习近平总书记在中央第七次西藏工作座谈会、科学家座谈会上的重要讲话以及刘鹤副总理在国家科考领导小组第二次会议上的讲话座谈会”上，第二次青藏科考队队长、中科院院士姚檀栋强调，第二次青藏科考要做到“四个面向”，面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求、面向人民生命健康，尤其是最新提出的第四个“面向”，加强气候变化对未知病毒溯源影响研究，揭示气候异常导致的环境变化及其与人民生命健康的关系。
国家第二次青藏高原综合科考于2017年8月在拉萨正式启动。习近平总书记在启动式上发来贺信，“聚焦水、生态和人类活动，着力解决青藏高原资源环境承载力、灾害风险、绿色发展途径等方面的问题。”这是我国时隔40多年再次启动青藏高原综合科考。
据介绍，科考成果产出四大体系中，科考报告成果体系包括重大成果科考报告、亮点成果科考报告，预期将产出近200本科考报告；国家需求成果体系包括科学评估与咨询报告、数据、图集、样品、综合观测体系、灾害预警示范工程与防治科学支撑、示范基地与工程、规划与区划等；国际前沿成果体系包括世界一流期刊高水平论文、期刊专辑、英文专著等；科学传播成果体系方面，将通过科普文章、日志、视频等十余种方式对科考成果进行科普传播。